Säätiön rahastoista tuetaan vuosittain noin pariakymmentä apurahanhakijaa. Suurin osa varoista saadaan lahjoituksina.
Itämeri-rahasto
Itämeri-rahastosta jaetaan apurahoja Itämeren ja sen valuma-alueen ekosysteemien suojeluun liittyvään tieteelliseen tutkimukseen ja koulutukseen sekä kansalaisjärjestöjen Itämeri-yhteistyöhön.
Luonnonsuojelurahasto
Luonnonsuojelurahastosta jaetaan apurahoja Suomelle omaleimaisten lajien ja ekosysteemien suojelututkimukseen ja suojelun edistämiseen.
Rafael Kuusakosken muistorahastosta
Rafael Kuusakosken muistorahastosta jaetaan apurahoja erityisesti Itämeren linnustoa ja saariston eliöstöä, meren ekologiaa, ilmastoa ja maisemansuojelua käsittelevään tutkimukseen, hankkeisiin ja koulutukseen.
Yleinen luonnon- ja ympäristönsuojelun rahasto
Yleisestä luonnon- ja ympäristönsuojelun rahastosta jaetaan apurahoja kohteille, jotka jäävät erityisrahastojen ulkopuolelle.